témy diplomových prác

Izolácia dehydrínového génu Dhn3 z Quercus robus L.  a jeho využitie na prenos do modelových rastlinných druhov/Isolation of the dehydrin gene Dhn3 from Quercus robus L.  and its use for a transfer to model plant species (Bc. Milan Karas)

Školiteľ: Ing. Jana Moravčíková, PhD

Pracovisko: Ústav genetiky a biotechnológií rastlín, Centrum biológie rastlín a biodiverzity,  SAV, Nitra

Anotácia:  Rastliny sú neustále vystavované rôznym environmentálnym stresom ako napr. nízka teplota, zasolenie alebo nedostatok vody. Na to, aby prežili v takomto nevýhodnom prostredí, musia sa vedieť adaptovať na zmenené podmienky. Súčasťou globálnej odpovede rastlín na stres je obrana bunkového metabolizmu pomocou produkcie celej rady proteínov, medzi ktoré patria aj dehydríny, proteíny patriace do skupiny LEA proteínov. Cieľom práce je technikami rekombinantnej DNA pripraviť rastlinný transformačný tzv. binárny vektor, ktorý by obsahoval expresnú kazetu pozostávajúcu z génu dehydrínu Dhn3 izolovaného z Quercus robus L. riadeného konštitutívnym  promótorom dCaMV 35S. Aktivita génu Dhn3 bola detekovaná v somatických embryách duba letného vystavených dehydratácii a zvýšenému osmotickému tlaku a v klíčencoch vystavených nedostatku vody. Pripravená vektorová konštrukcia bude v budúcnosti využitá na transformáciu rastlín pomocou A. tumefaciens za účelom získania transgénnych rastlín modelových druhov a následného štúdia vplyvu konštitutívnej expresie génu Dhn3 na zvýšenú odolnosť získaných transgénnych rastlín voči vybraným typom abiotického stresu.

 

Izolácia a funkčná charakterizácia vápnikovej ATPázy (izoformy SERCA1) z kostrového svalu diabetických potkanov/Isolation and functional analysis of calcium ATPase (SERCA1 isoform) from skeletal muscle of diabetic rats (Bc. Lea Kissová)

Školiteľ: RNDr. Jana Lomenová, PhD. (jana.lomenova@ucm.sk)

Pracovisko:  ÚEFT SAV Bratislava

Anotácia:  Predmetom diplomovej práce bude izolácia a štúdium zmien aktivity/expresie Ca transportného proteínu SERCA1. Tento enzým bude izolovaný zo sarkoplazmatického retikula kostrového svalu diabetických potkanov (experimentálny model ZDF) liečených novou skúmanou látkou CMTI (cemtirestat) s predpokladaným antidiabetickým účinkom. Diplomant si v priebehu riešenia práce osvojí široké spektrum biochemických metód. Na teoretickej úrovni sa bude venovať skúmaniu zmien štrutúry, funkcie a regulácie Ca-ATPázy zo sarkoplazmatického retikula v podmienkach diabetu.

 

Štúdium fluorescenčných vlastností euglén/Study of fluorescence properties of euglens (Bc. Kristína Ondrová)

Školiteľ: Doc. Marček Chorvátová Alžbeta, DrSc. (alzbeta.marcek.chorvatova@ucm.sk; alzbeta.chorvatova@ilc.sk)

Pracovisko: Katedra Biofyziky FPV UCM, Trnava a Medzinárodné Laserové Centrum, Ilkovičova 3, 84010 Bratislava

Anotácia: Cieľom diplomovej práce je charakterizovať základné fluorescenčné parametre endogénnych pigmentov euglén, ktoré súvisia jednak s ich fotosyntézou, ako aj s ich metabolizmom. Študent sa oboznámi s  princípami absorpčnej, emisnej a časovo rozlíšenej spektrosopie, ako aj s najnovšími mikroskopickými metódami a prácou na živých bunkách. Euglény budú monitorované v rôznych experimentálnych podmienkach.

 

Fytopatopény vírusového pôvodu pri vybratých rastlinných druhoch čeľade ľuľkovité a čeľade makovité/ Phytopathogens of plant origin in selected plant species of Solanacae and Papaveraceae (Bc. Danka Krumpolcová)

Školiteľ: Mgr. Daniel Mihálik, PhD.

Pracovisko: VÚRV, Piešťany, KBT FPV UCM

Anotácia: Rastliny patriace do čeľade makovité (Papaveraceae) a ľuľkovité (Solanaceae) patria medzi kultúrne rastliny a mnohé druhy boli pestované historicky predovšetkým pre potravinárske účely, veľká časť rastlinných druhov má však potenciál liečivých rastlín. Vírusy a viroidy prirodzene infikujú kultúrne, divorastúce ako aj okrasné rastliny, kde môžu významne vplývať na zdravie rastlín napríklad vo forme zníženia požadovanej kvality, alebo výnosu, čím spôsobujú zníženie príjmov pre poľnohospodárstvo. Práca bude zameraná na objavovanie nových patogénnych vírusov, alebo nových foriem už existujúcich vírusov z dôvodu meniacich sa agroklimatických podmienok (globálne otepľovanie, rozširovanie spektra vektorov, zmena rastlinných spoločenstiev) a sociálno-ekonomických podmienok (globalizácia trhu, otvorenie hraníc, migrácia) predstavuje celosvetový vedecký, hospodársky a spoločenský problém.

 

Charakterizácia génu rastlinného pôvodu zodpovedného za tvorbu netradičných zásobných triacylglcerolov/ Characterization of the gene of plant origin responsible for the formation of non-traditional storage triacylglycerols (Bc. Karolína Gregová)

Školiteľ: Mgr. Daniel Mihálik, PhD.

Pracovisko: VÚRV, Piešťany, KBT FPV UCM

Anotácia: Triacylglyceroly (TAGs) sú najviac zastúpené lipidy v semenách mnohých druhov rastlín. Okrem kľúčovej úlohy ako zdroj energie pre samotné rastliny, predstavujú aj dôležitú zložku potravy ľudí. Zaujímavé sú aj ako prekurzory na výrobu rôznych chemických produktov a biopalív. Existujú však formy TAG, ktoré výrazne ovplyvňujú efektivitu a náklady výrobných procesov. Jedným z takýchto TAG je aj 3-acetyl-1,2-diacyl-sn-glycerol, ktorý vzniká acetyláciou diacylglycerolov katalyzovaných enzýmom diacylglycerol-acetyltransferáza. Výskyt takéhoto génu je však veľmi vzácny, doposiaľ bol popísaný len pri bršlene krídlatom (Euonymus alatus). Gén kódujúci takýto enzým bude predmetom štúdia navrhovanej diplomovej práce.

 

Využitie genetického polymorfizmu mitochondriálnej DNA (MtDNA) pri selekcii zvierat/ Exploitation of mitochondrial genetic polymorphism for selection of farm animals (Bc. Viktória Ondicová)

Školiteľ: doc. RNDr. Ján Rafay, CSc.  (jan.rafay@ucm.sk)

Pracovisko: VÚŽV, Nitra

Anotácia: Cieľom je spracovať literárny prehľad z oblasti detekcie a hodnotenia  genetickej variability DNA v mitochondriách živočíšnych buniek. Metodicky sa práca zameria na vyhodnotenie polymorfizmu vybraných génov v MtDNA v populácii modelového zvieraťa (králik domáci). Korelačnou analýzou sa budú určovať  vzťahy medzi stanovenými frekvenciami genotypov vybraných génov a sledovanými  ukazovateľmi úžitkovosti.  Na základe získaných výsledkov sa posúdia možnosti genomickej selekcie pre modelovú populáciu zvierat.

 

Vplyv skrmovania  Roundup Ready® kukurice  na úžitkové ukazovatele hospodárskych zvierat/Influence of Roundup Ready® maize feeding on utility traits of farm animals

Školiteľ: doc. RNDr. Ján Rafay, CSc. (jan.rafay@ucm.sk)

Pracovisko: VÚŽV, Nitra

Anotácia: Na základe literárneho prehľadu z oblasti tvorby, hodnotenia a využitia  geneticky modifikovaných rastlín sa bude sledovať vplyv  prídavku Roundup Ready® kukurice v kŕmnej dávke pre králiky. Popri ukazovateľoch reprodukčnej,  rastovej,  mäsovej a výkrmovej úžitkovosti sa bude v mäse použitých zvierat analyzovať prítomnosť fragmentov cudzorodého génu zodpovedného za herbicídnu toleranciu.  Výsledkom vyhodnotenia experimentov bude príspevok do problematiky opodstatnenosti použitia GMO kukurice v potravinovom reťazci s dôrazom na jej možné ovplyvnenie zdravia a životaschopnosti.

 

Produkcia lakáz vláknitou hubou bielej hniloby Pleurotus ostreatus povrchovou kultiváciou/ Production of laccases by the white-rot fungus Pleurotus ostreatus under solid-state condition (Bc. Jana Kunstová)

Školiteľ: RNDr. Daniela Chmelová, PhD.

Pracovisko: KBT FPV UCM, Špačince

Anotácia: Cieľom literárnej rešerše diplomovej práce bude spracovať prehľad o rôznych metódach kultivácie vláknitých húb bielej hniloby so zameraním na povrchovú kultiváciu s cieľom produkcie vybraných oxidoreduktáz, konkrétne lakáz. V experimentálnej časti práce sa študent zameria na vhodnú metódu povrchovej kultivácie vláknitej huby bielej hniloby P. ostreatus na rôznych lignocelulózových substrátov a metódami extrakcie cielených enzýmov z povrchu vybraných lignocelulózových materiálov s využitím rôznych premenných, ktoré môžu ovplyvniť extrakciu lakáz. 

 

Antimikrobiálne látky kôry smreku obyčajného/antimicrobial compounds from spruce bark (Bc. Dominika Kročianová)

Školiteľ: RNDr. Daniela Chmelová, PhD.

Pracovisko: KBT FPV UCM, Špačince

Anotácia: Cieľom diplomovej práce bude v literárnej rešerši spracovanie biologicky aktívnych látok, ktoré sa vyskytujú v kôre smreku obyčajného, pričom sa študent prioritne zameria na potenciálne antimikrobiálne látky. V experimentálnej časti práce študent otestuje získané izolované extraktívne látky voči vybraným bakteriálnym a hubových mikroorganizmov. 

 

Produkcia bioplastov na báze polyhydroxyalkanoátov pomocou baktérie Wautersia eutropha/Production of polyhydroxyalkanoate bioplastics by Wautersia eutropha (Bc. Patrícia Nováková)

Školiteľ: doc. RNDr. Miroslav Ondrejovič, PhD.

Pracovisko: Katedra biotechnológií FPV UCM Trnava, Špačince

Anotácia: Cieľom diplomovej práce je spracovanie literárneho prehľadu o mikrobiálnych producentoch polyhydroxyalkanoátov ako využiteľných súčastí bioplastov so zameraním na baktériu W. eutropha. V experimentálnej činnosti sa študent bude zaoberať vhodnými podmienkami kultivácie vybraného mikrobiálneho druhu s cieľom maximálnej produkcie bioplastov. 

 

Mechanické vlastnosti extracelulárnych matríc/Mechanical properties of extracellular matrices (Bc. Slavka Lenčéšová)

Školiteľ: RNDr. Beata Čunderlíková, PhD. (beata.cunderlikova@fmed.uniba.sk)

Pracovisko: Medzinárodné laserové centrum, Bratislava

Anotácia: Cieľom teoretickej časti diplomovej práce je vypracovať prehľadnú rešerš obsahujúcu definíciu pojmov týkajúcich sa mechanických vlastností extracelulárnych matríc, hlavne elasticity, popis používaných metód jej experimentálneho stanovenia, prehľad údajov o nameraných hodnotách uvádzaných v literatúre pre rôzne typy extracelulárnych matríc natívnych ako aj pripravených v experimentálnych podmienkach a popis biologického významu mechanických vlastností extracelulárnych matríc. Cieľom experimentálnej časti diplomovej práce je experimentálne stanoviť hodnoty elasticity extracelulárnych matríc pripravených v experimentálnych podmienkach in vitro z kolagénu typu I resp. Matrigelu a otestovať závislosť tohto parametra od vybraných fyzikálno-chemických podmienok.

 

Úloha železa vo fotoinaktivácii nádorových buniek sprostredkovanej kyselinou aminolevulinovou/The role of iron in tumor cells photoinactivation mediated by aminolevulinic acid (Bc. Adriana Kalafutová)

Školiteľ: RNDr. Beata Čunderlíková, PhD. (beata.cunderlikova@fmed.uniba.sk)

Pracovisko: Medzinárodné laserové centrum, Bratislava

Anotácia: Cieľom teoretickej časti diplomovej práce je vypracovať prehľad o súčasnom stave poznatkov o fotoinaktivácii mikroorganizmov pomocou aminolevulinovej kyseliny a úlohe železa v nej, doplnený o definíciu pojmov a vysvetlenie procesov, ktoré sa pri fotoinaktivácii uplatňujú. Cieľom experimentálnej časti diplomovej práce je otestovať vplyv prítomnosti iónov železa v kultivačných médiách na účinnosť fotoinaktivácie sprostredkovanej aminolevulinovou kyselinou u vybraných bunkových kultúr.

 

Jednoduché a účinné protokoly na izoláciu DNA z rastlinných vzoriek s vysokým obsahom lipidov/Simple and effective protocols for DNA isolation from plant samples with high level of lipids (Bc. Šarlota Kaňuková)

Školiteľ: prof. RNDr. Ján Kraic, PhD.

Pracovisko: VÚRV Piešťany

Anotácia: Bude obsahovať prehľad existujúcich metód extrakcie, izolácie a purifikácie, hodnotenia kvality a kvantity celkovej DNA izolovanej z natívnych rastlinných semien, mechanicky spracovaných semien a semien spracovaných postupmi pri výrobe potravín. Pôjde o semená s vysokým obsahom lipidov (semená olejnín, najmä maku siateho). Koncentrovať sa bude na „klasické“ postupy izolácie, teda postupy extrahujúce a purifikujúce DNA pomocou extrakčných činidiel bez použitia komerčných kitov. Teoretická časť bude obsahovať aj prehľad metód na vyhodnocovanie účinnosti izolačných protokolov po stránke kvality aj množstva izolovanej DNA. Nadviaže na tému už obhájenej bakalárskej práce. V experimentálnej časti bude skúšaných a porovnávaných niekoľko „klasických“ postupov izolácie DNA. Postupy budeme pravdepodobne aj modifikovať, z dôvodu vysokého obsahu lipidov (olejov) v rastlinnom materiáli, najmä v etape prípravy vzoriek (odstránenie lipidov, bez použitia tekutého dusíka) a purifikácie už extrahovanej DNA. Izolovaná DNA bude testovaná kvalitatívne a kvantitatívne, vrátanie testovania možnosti jej bezproblémovej PCR amplifikácie s druhovo špecifickými primermi.

 

Sofora japonská ako zdroj cenných produktov/Japanese sophora as a source of valuable products (Bc. Simona Jaworská)

Školiteľ: Ing. Vladimír Mastihuba, PhD. (vladimir.mastihuba@savba.sk)

Pracovisko: Chemický ústav SAV, Bratislava

Anotácia: Sofora japonská je okrasný rýchlo rastúci strom frekventovaný v mestských zástavbách. Zároveň je sezónnym zdrojom znečistenia v čase odkvitania alebo spadu listov a plodov. Tieto materiály však môžu byť cenným zdrojom sacharidov, glykozidov a enzýmov s vysokou pridanou hodnotou. Cieľom diplomovej práce je zmapovať poznatky o obsahu najdôležitejších látok v kvetoch, plodoch, prípadne iných frakciách stromu a a izolovať vytipované produkty.

 

Charakteristika vybraných odrôd pšenice z hľadiska príjmu a akumulácie iónov kadmia/ Characterization of selected wheat varieties in terms of the intake and accumulation of cadmium ions  (Bc. Martina Gregorová)

Školiteľ: Mgr. Ildikó Matušíková, PhD.

Pracovisko: Katedra ekochémie a rádioekológie FPV UCM Trnava, Špačince

Anotácia: Toxicita ťažkých kovov predstavuje vážnu hrozbu pre kvalitu životného prostredia aj produkciu poľnohospodárskych plodín v 21. storočí. V tomto kontexte je nesmierne dôležitá toxicita Cd spôsobená nadmerným používaním fosfátových a dusíkatých hnojív či zavlažovaním kontaminovanou vodou. Odrody plodín s nízkou akumulačnou schopnosťou tohto kovu sú preto nesmierne zaujímavé z hľadiska zníženia rizika produkcie kontaminovaných potravín. Cieľom práce bude charakteristika 5 vybraných Slovenských odrôd pšenice z hľadiska schopnosti príjmu Cd koreňmi. Využité budú molekulárne techniky pre zhodnotenie genetického potenciálu, ako aj rádiologické a analytické postupy pre štúdium príjmu, translokácie a ukladania kadmia v pletivách.

 

Glukanázy v parazitcikej kukučine (rod Cuscuta)/ Glucanases in the parasitic dodder (Cuscuta europaea) (Bc. Gabriela Kubicová)

Školiteľ: Mgr. Ildikó Matušíková, PhD. (ildiko.matusikova@ucm.sk)

Pracovisko: Katedra ekochémie a rádioekológie FPV UCM Trnava, Špačince

Anotácia: Parazitické rastliny spôsobujú obrovské škody pre poľnohospodárstvo. Jednou z nich je kukučina európska (Cuscuta europaea), ktorá sa hojne vyskytuje aj na Slovensku. Kukučina vytvára orgán – tzv. haustórium, pomocou ktorého penetruje do hostiteľskej rastliny a odčerpáva z nej živiny. Pri týchto procesoch prebieha remodelácia bunkových stien parazita aj hostiteľa za pôsobenia mnohých enzýmov. Väčšina z nich je v Cuscuta stále nepopísaná. Cieľom diplomovej práce je štúdium enzýmov glukanáz v kukučine.
Tieto enzýmy hyrolyzujú polysacharid kalózu, ktorý je veľmi bežný v rastlinných pletivách a má mnoho funkcií v bežných morfo-fyziologických procesoch ale aj pri obrane voči stresom z prostredia. Profil ani aktivita glukanáz počas životného cyklu parazitujúcich rastlín doteraz neboli popísané.

 

Viazanie kovov biomasou mikrorias rodu Euglena z vodných roztokov/Metals binding by microalgae biomass of genus Euglena from aqueous solutions (Bc. Anna Čarná)

Školiteľ: doc. RNDr. Miroslav Horník, PhD. (miroslav.hornik@ucm.sk)

Pracovisko: Katedra ekochémie a rádioekológie FPV UCM Trnava, Špačince

Anotácia: Cieľom bakalárskej práce bude vypracovať súčasný stav poznatkov v podobe literárneho prehľadu poskytujúceho informácie o potenciálnom využití biomasy mikrorias (najmä rodu Euglena) pri viazaní kovov z vodných roztokov a poznatky o biosorpčných procesoch. Popri tomto cieli bude práca pozostávať aj z experimentálnej časti, ktorá bude zahŕňať: (i) prípravu mikrorias rodu Euglena ako experimentálne aplikovateľnej, homogénnej a dobre charakterizovateľnej biomasy; (ii) hodnotenie vplyvu prostredia na priebeh viazania kovov biomasou mikrorias a kvantifikáciu týchto procesov aj pomocou matematického predikčného modelovania. Získané výsledky sa podrobia porovnaniu a diskusii s údajmi uvádzanými vo vedeckých databázach.

 

Kvalita oleja izolovaného z maku siateho/The quality of oil isolated from poppy (Bc. Lenka Gulášová)

Školiteľ: RNDr. Michaela Havrlentová, PhD. (michaela.havrlentova@ucm.sk)

Pracovisko: NPPC – Výskumný ústav rastlinnej výroby v Piešťanoch

Anotácia: Teoretická časť práce bude zameraná na charakterizáciu semena maku siateho, hlavne slovenskej proveniencie, z hľadiska obsahu a kvality lipidov a iných benefitných látok. V práci budú charakterizované aj spôsoby izolácie rastlinného oleja pre potreby humánnej výživy, ich výhody a nevýhody na získanie vysoko kvalitného produktu. Experimentálna časť práce bude venovaná analýze obsahových látok vo vstupnom semene maku siateho a výslednom oleji získanom od rôznych spracovateľov rôznymi extrakčnými postupmi. Posúdená bude kvalita oleja za účelom hodnotenia prínosu pre konzumenta. Kontrolnými vzorkami, ktoré budú v práci analyzované, bude v obchodnej sieti dostupný slnečnicový, repkový a olivový olej.

 

Význam β-D-glukánu z hľadiska suchovzdornosti odrôd ovsa siateho/The importance of β-D-glucans for dryness of oat varieties (Bc. Katarína Milčáková)

Školiteľ: RNDr. Michaela Havrlentová, PhD. (michaela.havrlentova@ucm.sk)

Pracovisko: NPPC – Výskumný ústav rastlinnej výroby v Piešťanoch

Anotácia: Teoretická časť práce bude venovaná charakterizácii β-D-glukánu ako polysacharidu bunkovej steny ovsa siateho a jeho vzťahu pri ochrane rastliny pri miernych formách abiotického stresu akou je napr. odolnosť voči suchu a vyššej teplote. Experimentálna časť bude realizovaná formou nádobového pokusu v laboratórnych podmienkach a zameraná bude na potvrdenie alebo vyvrátenie hypotézy, že odrody ovsa siateho s vyšším obsahom β-D-glukánu lepšie reagujú na sucho, nakoľko silnejšia bunková steny ich chráni voči vysychaniu a daný polysacharid akumuluje vodu a zabezpečuje jej správny transport. 

 

Príprava a charakterizácia biologicky aktívnych oligosacharidov rastlinného pôvodu/Preparation and characterization of biologically active oligosaccharides of plant origin (Bc. Bernadett Sztankóová)

Školiteľ: Ing. Zuzana Košťálová, PhD. (chemzuko@savba.sk)

Pracovisko: Chemický Ústav SAV, Bratislava

Anotácia: Zámerom diplomovej práce bude priama extrakcia oligosacharidov z rastlinných zdrojov alebo cielená degradácia už izolovaných rastlinných polysacharidov (arabinogalaktánov, arabinoxylánov, pektínov atd. ). Získané oligosacharidy  budú štrukturálne charakterizované analytickými metódami (HPLC, GC-MS, NMR) a testované na predpokladanú biologickú aktivitu. Získané poznatky by mali prispieť k vývoju nových prírodných potravinárskych aditív  a rozšíriť spektrum produktov  biologického a biochemického charakteru. 

 

Úloha blokátorov vápnikových transportných systémov pri raste a progresii kolorektálnych karcinómov/The role of calcium channel blockers in the growth and progression of colorectal carcinomas (Bc. Katarína Kováčová)

Školiteľ: prof. Ing. Oľga Križanová, DrSc. (olga.krizanova@savba.sk)

Pracovisko: Katedra chémie, FPV, UCM

Anotácia: Cieľom literárnej rešerše bude spracovanie prehľadu o transportných systémov,  o rôznych blokátoroch vybraných transportných systémov pri raste a progresii kolorektálnych karcinómov. Cieľom experimentálnej časti práce bude vyšetriť vplyv rôznych blokátorov vápnikových transportných systémov pri raste kolorektálnych karcinómov.